Bebeklere bal verilmesindeki sağlık endişesi Clostridium (Cl.) botulinum mikroorganizması ile ilişkilidir. Bu bakteri balda gelişip çoğalamamasına karşın, balda kendini koruma altına almış formu olan spor formu bulunabilmektedir. Bu bakteri sporları bir yaşından küçük bebeklerin bağışıklık sistemi tam gelişmediğinden, bebeklerde hastalık etkeni olabilmekte ve bu durum bebek botulizmi olarak adlandırılmaktadır. Bebeklerin sindirim sisteminde gelişme ortamı bulabilen bakteri çoğalmaya başladığı takdirde, toksin üretebilmektedir.  Bu toksinlerin alımı sonucu ilk görülen etki kabızlık olmakta, daha sonra hareketlerde azalma ve sinir sistemine dair rahatsızlıklar şeklinde seyretmektedir. Bu bakterinin doğal olarak gıdalarda bulunabilmesi olasılığı ve balda sterilizasyon sıcaklıklarının uygulanamaması nedeniyle balda da var olabileceği endişesi nedeniyle risk göz ardı edilemez.  12 aydan büyük bebekler bağışıklık ve sindirim sistemleri yeterince geliştiği için, balı bir risk olmadan tüketebilirler. Yakın zamanda, Avrupa Birliği’nden bir komite, balda Cl. botulinum’un bulunma olasılığı hakkında bir çalışma yapmış olup, balın mikrobiyolojik incelemesinin baldaki spor konsantrasyonunun kontrolü açısından önemli olduğu; Cl. botulinum’un bulunma sıklığı ne kadar azalsa da, bu testlerin bebek botulizmini azaltmayacağı sonucuna varılmıştır. AB ülkelerinde sağlık otoriteleri bal kavanozlarına uyarıcı bir etiket koyma konusunda bir regülasyon geliştirmemişlerdir, halen gönüllülük esaslıdır.